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ncl 筆記

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ncl

NCL 安裝

這次用 wsl 上的 ubuntu 來建置相關環境看看 , 參考自此

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#安裝及進入 wsl
wsl --install -d ubuntu
wsl

#安裝 conda
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2022.05-Linux-x86_64.sh
ll
bash ./Anaconda3-2022.05-Linux-x86_64.sh
source ~/.bashrc
# 有裝 zsh 的話
# source ~/.zshrc


conda env list
conda create -n ncl_stable -c conda-forge ncl
conda activate ncl_stable

順帶一提如果不想弄髒環境要有多個 instance 的 wsl 可以這樣設定 , 參考自此 , 這篇也不錯

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wsl --install --distribution Ubuntu-18.04
wsl --list
Ubuntu (預設值)
Ubuntu-18.04

#啟動指定的 instance
wsl -d Ubuntu-18.04

裝好以後就有 ncdump 這個好用工具可以用 , 可以測試看看 dump nc 檔

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ncdump -h YOURNETCDF.nc

netcdf YOURNETCDF {
dimensions:
        time = 31 ;
        latitude = 409 ;
        longitude = 313 ;
variables:
        double time(time) ;
                time:_CoordinateAxisType = "Time" ;
                time:actual_range = 1041422400., 1044014400. ;
                time:axis = "T" ;
                time:ioos_category = "Time" ;
                time:long_name = "Centered Time" ;
                time:standard_name = "time" ;
                time:time_origin = "01-JAN-1970 00:00:00" ;
                time:units = "seconds since 1970-01-01T00:00:00Z" ;
        float latitude(latitude) ;
                latitude:_CoordinateAxisType = "Lat" ;
                latitude:actual_range = 10.02083f, 27.02083f ;
                latitude:axis = "Y" ;
                latitude:ioos_category = "Location" ;
                latitude:long_name = "Latitude" ;
                latitude:standard_name = "latitude" ;
                latitude:units = "degrees_north" ;
                latitude:valid_max = 90.f ;
                latitude:valid_min = -90.f ;
        float longitude(longitude) ;
                longitude:_CoordinateAxisType = "Lon" ;
                longitude:actual_range = 112.9792f, 125.9792f ;
                longitude:axis = "X" ;
                longitude:ioos_category = "Location" ;
                longitude:long_name = "Longitude" ;
                longitude:standard_name = "longitude" ;
                longitude:units = "degrees_east" ;
        float CHL(time, latitude, longitude) ;
                CHL:_FillValue = NaNf ;
                CHL:colorBarMaximum = 30. ;
                CHL:colorBarMinimum = 0.03 ;
                CHL:colorBarScale = "Log" ;
                CHL:ioos_category = "Ocean Color" ;
                CHL:long_name = "Mean Chlorophyll a Concentration" ;

安裝 Vapor

基本上這個要遇到 wrf 這個鬼格式才有用 , 可以到這裡下載
注意如果要用 Vapor 需要 x11 , 所以最好搞一台 vm 來用 , wsl2 要怎麼串 x11 就沒研究過

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wget https://github.com/NCAR/VAPOR/releases/download/3.6.0/VAPOR3-3.6.0-Ubuntu18.sh
bash VAPOR3-3.6.0-Ubuntu18.sh

接著設定 $VAPOR_HOME , 他好像不會幫你設定 , 要確認看看

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export VAPOR_HOME=~/VAPOR3-3.6.0-Linux
export PATH=$PATH:$VAPOR_HOME/bin
echo $VAPOR_HOME

# 確認看看有沒有裝好
cat $VAPOR_HOME/share/examples/NCL/wrf2geotiff.ncl

資料下載

如果用 chrome 要開啟 ftp 功能的話需要這樣設定 chrome://flags/ => Enable support for FTP URLs
另外他官方網址好像給錯了!? 應該是 jangmiWrfout1 , 可能改名了

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ftp://ftp.ucar.edu/vapor/data/jangmiWrfout1.zip
ftp://ftp.ucar.edu/vapor/data

#安裝解壓 zip 工具
sudo apt-get install zip unzip

mkdir ~/data
cd ~/data

# curl ftp://ftp.ucar.edu/vapor/data/jangmiWrfout1.zip -O
curl ftp://ftp.ucar.edu/vapor/data/jangmiWrfout2.zip -O
# culr ftp://ftp.ucar.edu/vapor/data/jangmi_lowres.zip -O

# unzip jangmiWrfout1.zip -d jangmiWrfout1
unzip jangmiWrfout2.zip -d jangmiWrfout2
# unzip jangmi_lowres.zip -d jangmi_lowres

# 不小心解壓到此目錄的話可以這樣移動
# mkdir jangmiWrfout2
# mv -t jangmiWrfout2 wrfout_d02*

cd jangmiWrfout2
for f in *;do mv $f $f.nc;done

Vapor NCL Example

安裝好後要找 NCL 的 example 在這裡

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cd ~/VAPOR3-3.6.0-Linux/share/examples/NCL
ls
USFilled.ncl          worldFilled.ncl   wrf_CrossSection2.ncl           wrf_EtaLevels.ncl     wrf_Height_FirstMod.ncl  wrf_Precip_FirstMod.ncl  wrf_crossSection4.ncl
USOutline.ncl         worldOutline.ncl  wrf_CrossSection2_Final.ncl     wrf_Height.ncl        wrf_Precip.ncl           wrf_Surface1.ncl         wrf_pv.ncl
WrfTestScripts.Notes  wrf2geotiff.ncl   wrf_CrossSection2_FirstMod.ncl  wrf_Height_Final.ncl  wrf_Precip_Final.ncl     wrf_cloud.ncl

tiff2geotiff

因為以前的任務主要目的是把 ncl 繪製的圖丟到 openlayers 上面 , 所以看到這個工具有眼睛為之一亮的感覺 , 加減玩看看 , 他的路徑在此 ~/VAPOR3-3.6.0-Linux/bin , 礙於年代久遠我已經忘了 , 我當初到底怎麼把 wrf2geotiff.ncl 這隻跑起來的 , 也可能沒跑起來 , 不過還是可以用 tiff2geotiff 這個程式去加上座標位置 , 不然就要用 gdal 裡面的功能 , 應該也 ok

另外我看他 example 裡面轉 geotiff 的方法應該也會用到 imagemagick , 裝了以後執行 USFilled.ncl 應該還會噴 ploicy 錯誤
可以參考這篇設定

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sudo apt install imagemagick
cd /etc/ImageMagick-6
sudo vim policy.xml

#註解掉以下內容即可

<!--
<policy domain="coder" rights="none" pattern="PS" />
<policy domain="coder" rights="none" pattern="PS2" />
<policy domain="coder" rights="none" pattern="PS3" />
<policy domain="coder" rights="none" pattern="EPS" />
<policy domain="coder" rights="none" pattern="PDF" />
<policy domain="coder" rights="none" pattern="XPS" />
-->
#接著加上這行
<policy domain="module" rights="read|write" pattern="{PS,PDF,XPS}" />

接著可以跑看看 USFilled.ncl 應該就正常會輸出檔案了 , 看他裡面的原理就是用 imagemagick 先轉 ps 為 tiff , 接著再用 tiff2geotiff 去加上 georeferenced
最後想要從 ssh 把檔案拿出來可以用 scp 類似這樣 , 注意是在 windows 跑這串

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#從 linux 複製檔案到 windows
scp linux_user_name@192.168.137.123:/home/linux_user_name/VAPOR3-3.6.0-Linux/share/examples/NCL/temp.tif "C:/Users/YOURNAME/Desktop"

#從 windows 複製進去 linux
scp "C:/Users/YOURNAME/Desktop/test.png" linux_user_name@192.168.137.123:/home/linux_user_name/data

其他地雷

萬一出現 conda command not found 可以參考這篇
我遇過這個

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source ~/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh

萬一使用 ncl_filedump or 出現以下錯誤 /bin/csh: bad interpreter: No such file or directory
表示沒安裝 csh , 安裝後就搞定了 , 一堆毛線 ..

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sudo apt update
sudo apt-get install csh
關閉